Après que l'humanité ait colonisé les océans au début du 21ème siècle, un groupe appelé l'Organisation des Océans de la Terre Unie cherche à explorer la dernière frontière de la Terre. Pour maintenir la paix tout en s'efforçant de mener à bien cette mission, l'organisation demande l'aide du capitaine Nathan Bridger. À l'aide du sous-marin seaQuest DSV, ils découvrent les secrets de phénomènes jusqu'alors inexplorés.