Synopsis
Se déroulant en 1937, à la veille de la Seconde Guerre mondiale, l'histoire implique une mystérieuse organisation d'entraînement d'espions connue sous le nom d'"Agence D". Cette organisation a été créée par le lieutenant-colonel Yuuki de l'armée impériale japonaise. Ses idéaux l'amènent à recruter des personnes autres que les diplômés et le personnel des académies militaires, tout en les formant à devenir des agents qualifiés dans les arts de la manipulation. Ces agents deviendraient une équipe spécialisée pour mener des opérations. L'un de ces agents antihéros, Jirou Gamou, entreprend une mission éprouvante pour découvrir des documents secrets intitulés "Black Notes", tout en luttant contre des forces internes et externes à ses propres rangs.