"Code Lyoko" raconte l'histoire d'un groupe d'étudiants qui découvrent un univers parallèle appelé Lyoko à l'intérieur d'un super-ordinateur qui est menacé par un programme renégat nommé XANA qui pourrait détruire le monde. C'est à quatre élèves du pensionnat, Jeremy, Yumi, Ulrich et Odd, qu'il revient d'aider un être humanoïde à l'intérieur de Lyoko, Aelita, à arrêter le programme XANA et ses plans pour attaquer leur monde. Jeremy, qui est amoureux d'Aelita, se bat tout au long de la saison 1 pour trouver un moyen de "matérialiser" Aelita, afin qu'elle puisse devenir humaine en sortant des scanners qui relient Odd, Ulrich et Yumi à Lyoko. Si Jeremy y parvient, il sera en mesure de fermer Lyoko et de vaincre XANA. Nous voyons Jeremy matérialiser Aelita et réaliser son rêve. Le groupe désactive Lyoko, mais XANA a apparemment infecté Aelita avec un virus avant qu'elle ne soit matérialisée, de sorte que si XANA disparaît, elle disparaît aussi ! Au début de la saison 2, nous assistons à l'aube des nouvelles technologies. Jeremy programme des véhicules à Lyoko pour accélérer les déplacements et fabrique un meilleur programme de balayage pour détecter les "tours activées", afin qu'Aelita puisse vivre sur Terre sans avoir à rester à Lyoko pour surveiller les attaques de XANA sur la Terre ! Parallèlement, Jeremy annonce qu'il travaille sur un antivirus suffisamment performant pour sauver Aelita de XANA ! Franz Hopper, un brillant scientifique, semble avoir un lien de parenté avec Aelita après quelques recherches. Après avoir découvert la vérité au sein du gang Lyoko, il en révèle davantage sur Aelita et XANA.