Dans les années 1960, Charles Xavier et Erik Lensherr se rencontrent pour la première fois et deviennent amis et partenaires bien avant d'être connus sous les noms de Professeur X et Magneto. Ils s'efforcent de retrouver des mutants comme eux et de former une équipe pour empêcher un dictateur implacable de précipiter la Russie et les États-Unis dans une guerre nucléaire brutale. Cependant, le désir de vengeance d'Erik à l'encontre de l'homme qui lui a fait du tort dans son enfance et qui a assassiné sa mère le submerge, le poussant à poursuivre ses propres ambitions, ce qui ne tarde pas à provoquer une rupture permanente entre Charles et lui.